Se trata de una de las instituciones universitarias más antiguas y la segunda de su tipo en España. Fundado por el cardenal Pedro González de Mendoza en tiempos de los Reyes Católicos, su antiguo edificio histórico se conoce como Palacio de Santa Cruz, sede del Rectorado de la Universidad de Valladolid en la actualidad. Con el título de Muy Ilustre, que aún exhibe, durante toda la Edad Moderna (siglos XVI, XVII y XVIII) fue un centro de formación de élites político-administrativas hasta que desapareció con las primeras desamortizaciones del Estado liberal del siglo XIX. En la década de 1940 la Universidad de Valladolid procedió a la refundación del Colegio Mayor en el edificio de la Hospedería de Antiguos Colegiales aneja al Palacio de Santa Cruz, para ofrecer un alojamiento con clara vocación cultural y de formación complementaria a estudiantes de fuera de Valladolid y a visitantes ilustres; en 1981 se inauguró su rama femenina situada en el edificio que albergó la Escuela Universitaria de Enfermería. Ambas sedes tienen un solo Director, profesor de la Universidad de Valladolid, pero cuentan con Decano/a y Consejo Colegial propio.
